La distancia comercial es un factor limitante importante que sustenta la emergencia de interacciones sociales y económicas de sistemas complejos. Sin embargo, los estudios basados en agentes respaldados por el análisis detallado de distancias son limitados. Aquí presentamos un método de complejidad que sitúa las ubicaciones geográficas reales de empresas individuales en Japón en el epicentro de nuestra investigación. Al combinar métodos derivados de la ciencia de redes junto con medidas de teoría de la información, y utilizando un conjunto de datos exhaustivo de transacciones comerciales entre empresas japonesas, evaluamos los efectos de las características espaciales en los patrones estructurales de la economía. Encontramos que las distribuciones de probabilidad normalizadas de las distancias entre empresas que interactúan siguen una ley de potencia con decaimiento concomitante con los tamaños de empresas y regiones. Además, las empresas pequeñas alcanzarían grandes distancias para convertirse en clientes de empresas grandes, mientras que el comercio entre empresas solo pequeñas o solo grandes tiende a ser a distancias más cortas. Además, un análisis de evolución temporal sugiere una reducción en las distancias comerciales promedio en los últimos 20 años. Por último, nuestro análisis sobre la dinámica comercial entre prefecturas indica que la preferencia por comerciar con prefecturas vecinas tiende a ser más pronunciada en regiones rurales en contraposición a las grandes conurbaciones centrales.