Una pregunta abierta sobre las interacciones planta-microbio es cómo una planta interactúa molecularmente tanto con un microbio beneficioso como con un hongo patógeno. Este estudio utilizó RNA-seq para investigar las respuestas moleculares en las raíces de maíz durante una interacción tripartita con el patógeno fúngico (), que causa pudrición de tallos, mazorcas y raíces, y el agente de biocontrol endofítico 25, conocido por suprimir y promover el crecimiento de las plantas. Se compararon las raíces de maíz de siete días inoculadas con (-), 25 (-25) y co-inoculadas (--25) con un control no inoculado (). La expresión génica diferencial (DEG), el análisis de ontología génica (GO) y el análisis de KEGG revelaron respuestas moleculares distintas. Suprimió las vías de las plantas relacionadas con la síntesis de ADN y proteínas y afectó el desarrollo de las raíces. En contraste, 25 desencadenó la preparación de defensa y respuestas relacionadas con el crecimiento. En el experimento de co-inoculación (-25-), los DEG regulados al alza se asociaron tanto con vías metabólicas relacionadas con la defensa, incluyendo la señalización del ácido jasmonico y la biosíntesis de metabolitos secundarios, como con genes involucrados en procesos de crecimiento de las plantas. Las redes de co-expresión utilizando ortólogos apoyaron la inducción de genes relacionados con la defensa y el crecimiento y desarrollo. Este estudio es el primer análisis de RNA-seq de las respuestas moleculares de las raíces de maíz durante la interacción tripartita con un patógeno fúngico y su agente de biocontrol bacteriano, proporcionando nuevas direcciones para futuras investigaciones para comprender completamente los mecanismos moleculares detallados que subyacen a esta interacción.