El sistema de suspensión del tren maglev es un sistema complejo, que es difícil de modelar con precisión. La desalineación horizontal entre el imán de suspensión y la vía es uno de los factores de incertidumbre comunes en el sistema de suspensión, que afectará el rendimiento de la suspensión. Este artículo se centra en este problema. En primer lugar, se deriva la fórmula de la fuerza de suspensión considerando la desalineación horizontal y los resultados de la fórmula y la simulación de FEA (Análisis de Elementos Finitos) son consistentes. En segundo lugar, se establece por primera vez un modelo de sistema de suspensión que considera la desalineación horizontal, el cual puede describir de manera efectiva el impacto de la desalineación horizontal en el sistema de suspensión. En tercer lugar, se diseña un controlador para el sistema de suspensión utilizando el paradigma GIMC (Control de Modelo Interno Generalizado) y se demuestra teóricamente por primera vez cómo el controlador puede suprimir de manera efectiva la incertidumbre causada por la desalineación horizontal. Finalmente, la simulación y el experimento físico verifican que el algoritmo propuesto muestra un excelente rendimiento y robustez en el sistema.