El presente estudio se centra en evaluar el efecto de la fragmentación causada por las infraestructuras viales en un territorio con características singulares, como una baja densidad de población y una alta proporción de su superficie protegida por la red Natura 2000. Basándose en las métricas IFI, UFI, Meff y DIVI, se estudió el estado de fragmentación de las unidades de paisaje (LU) desde dos enfoques diferentes, considerando dos figuras de protección distintas, y se analizó el grado de idoneidad de las métricas utilizadas para el objetivo perseguido. Los resultados muestran que las expresiones propuestas para los indicadores que miden la fragmentación de las unidades de paisaje (LU) originadas por infraestructuras viales (IFI, Meff y DIVI) evalúan diferentes causas y consecuencias en el territorio que las propuestas para la fragmentación originada por áreas urbanas (UFI). La combinación de todos los indicadores permite identificar las deficiencias y fortalezas de las LU analizadas y, en consecuencia, evaluar la efectividad del diseño de las LU y la necesidad de mejora. Los resultados del análisis de fragmentación de las LU en el área de estudio variaron dependiendo del criterio aplicado y de la figura de protección considerada. Se encontró una tendencia general creciente para todos los indicadores en términos del número de unidades de LU y la superficie de LU a medida que aumenta el nivel de fragmentación. Los resultados de este estudio son útiles para la toma de decisiones sobre la gestión del territorio y las infraestructuras viales, así como para nuevos enfoques en la organización de la red Natura 2000.