El pez pequeño de cabeza y cola es un pez económico marino importante distribuido a lo largo del océano Índico norte y la costa noroeste del Pacífico; sin embargo, se sabe poco sobre el mecanismo de su evolución genética. Este estudio generó el primer ensamblaje del genoma a nivel cromosómico utilizando una combinación de tecnologías PacBio SMRT, Illumina Nova-Seq y Hi-C. El tamaño final del genoma ensamblado fue de 709.27 Mb, con un N50 de contig de 25.07 Mb, un contenido de GC del 40.81%, una tasa de heterocigosidad del 1.18% y una tasa de secuencias repetitivas del 35.43%. El genoma contenía 21,949 genes codificadores de proteínas (el 97.92% de los genes estaban anotados funcionalmente) y 24 cromosomas. Había 143 familias de genes en expansión, 708 familias de genes en contracción y 4888 genes seleccionados positivamente en el genoma. Basado en los análisis genómicos comparativos, seleccionamos varios genes y vías candidatas relacionadas con la formación de colas en forma de látigo, la inmunidad innata y la reparación del ADN. Estos hallazgos revelan preliminarmente algunos mecanismos evolutivos moleculares a nivel genómico y proporcionan datos genómicos de referencia importantes para los estudios genéticos de otros trichiúridos.