La carne de espagueti (SM) y el pecho leñoso (WB) son miopatías del músculo pectoral de pollos de engorde, caracterizadas por la separación de las miofibras y por fibrosis, respectivamente. Este estudio buscó investigar los perfiles transcriptómicos de los músculos pectorales afectados por SM y WB. Se realizó un muestreo dirigido en un lote para obtener 10 muestras de músculo WB, 10 de músculo SM y 10 muestras de músculo normal de pollos machos de 37 días. Se extrajo ARN total, se utilizó cDNA para la secuenciación de extremos emparejados y se determinaron los genes expresados diferencialmente (DEGs) mediante una tasa de descubrimiento falso de un cambio de 1.5 veces. Los análisis de componentes principales y de clúster de mapa de calor mostraron que las muestras de SM y WB se agruparon juntas. No se observaron DEGs entre los filetes de SM y WB, mientras que se encontraron un total de 4018 y 2323 DEGs al comparar SM y WB, respectivamente, contra muestras normales. En ambas muestras de SM y WB, se enriquecieron términos de Ontología Genética asociados con el ambiente extracelular y la respuesta inmune. El análisis de KEGG mostró un enriquecimiento de las vías de interacción citoquina-receptor de citoquina e interacción matriz extracelular-receptor en ambas miopatías. Aunque SM y WB son macroscópicamente diferentes, los perfiles transcriptómicos similares sugieren que estas condiciones pueden compartir una patogénesis común. Este es el primer estudio que compara los transcriptomas de SM y WB, y mostró que, aunque ambas miopatías tenían perfiles diferentes del músculo pectoral normal, SM y WB eran similares, con vías y procesos metabólicos enriquecidos comparables a pesar de presentar características macroscópicas marcadamente diferentes.