La expansión de la pesca y la acuicultura en las últimas décadas ha llevado a un aumento sustancial en los subproductos del pescado. Este estudio investiga la extracción y caracterización de fosfatos de calcio a partir de los subproductos de especies representativas en estas industrias, con el objetivo de identificar fuentes potenciales para aplicaciones biotecnológicas y farmacéuticas. Los huesos limpios obtenidos mediante hidrólisis enzimática de las cabezas, esqueletos centrales y/o colas de la caballa atlántica, el azul, la merluza, la caballa y el rodaballo de cultivo fueron sometidos a calcinación para obtener fosfatos de calcio. Se evaluó el contenido de hueso limpio en términos de nitrógeno, lípidos, materia orgánica, proteína total y aminoácidos, junto con los enlaces químicos, estructuras y composición elemental de los fosfatos de calcio. Los resultados indicaron un rendimiento significativamente mayor de recuperación de hueso húmedo (23%, < 0.05) para el esqueleto central de la caballa atlántica y la mayor fracción mineral para las cabezas de la caballa atlántica (73.2%), seguido por la del azul (72.6%). La merluza y el rodaballo presentaron las fracciones minerales más bajas y, por lo tanto, el mayor contenido de proteínas (27-31%, < 0.05), con niveles significativos de aminoácidos relacionados con el colágeno (< 0.05). La difracción de rayos X (XRD) y la espectroscopia Raman de transformada de Fourier (FT-Raman) confirmaron la composición de fosfato de calcio bifásico para la mayoría de las muestras basadas en hidroxiapatita con contribuciones de whitlockita/fosfato de tricalcio beta. La mayor contribución a la fase no apatita fue realizada por los esqueletos centrales tanto de la caballa como de la caballa atlántica.