El orégano mexicano es una fuente importante de compuestos bioactivos, como los flavonoides. Estos han presentado diferentes propiedades terapéuticas, incluyendo antioxidante y antiinflamatoria; sin embargo, su funcionalidad está relacionada con la cantidad y el tipo de compuestos, y estas características dependen del método de extracción utilizado. Este estudio tuvo como objetivo comparar diferentes procedimientos de extracción para identificar y cuantificar flavonoides del orégano. Las tecnologías emergentes y convencionales incluyen la maceración con metanol y agua, y la extracción asistida por ultrasonido (UAE) utilizando disolventes eutécticos profundos (DES) como cloruro de colina-glicol etileno, cloruro de colina-glicerol y cloruro de colina-ácido láctico. También se estudió la extracción con fluidos supercríticos utilizando CO como disolvente. Se obtuvieron seis extractos diferentes y se evaluaron la capacidad reductora total, el contenido total de flavonoides y la capacidad antioxidante mediante ABTS, DPPH, FRAP y ORAC. Además, los flavonoides fueron identificados y cuantificados por UPLC-TQS-MS/MS. Los resultados mostraron que la UAE-DES tuvo el mejor efecto de extracción y capacidad antioxidante utilizando métodos colorimétricos. Sin embargo, la maceración-metanol fue superior en contenido de compuestos, destacando que la naringenina y la floridzina fueron los compuestos principales. Además, este extracto fue microencapsulado mediante secado por aspersión, lo que proporcionó una característica de protección de su potencial antioxidante. Los extractos de orégano son ricos en flavonoides y las microcápsulas presentan resultados prometedores para futuras investigaciones.