Las plantas holoparasitarias del género se consideran generalmente plagas agrícolas prominentes. Además de su efecto económico negativo en la agricultura y su impacto en las sociedades vegetales naturales, también se conocen desde hace mucho tiempo en el este de Asia como plantas medicinales con propiedades beneficiosas. Esto subraya el hecho de que las spp. son particularmente ricas en metabolitos especializados, flavonoides, alcaloides y cumarinas, entre otros. Además de varias especies bien caracterizadas, la mayoría de la variedad de especies dentro del género sigue siendo en gran medida no estudiada. En el presente estudio, nuestro objetivo fue comparar los perfiles de flavonoides de poblaciones naturales de dos de las especies más abundantes en Bulgaria: la nativa y la naturalizada. Basado en el análisis HPLC-MS/MS, se anotaron un total de 13 compuestos polifenólicos, siendo el hiperósido y el isoquercitrina algunos de los más abundantes. Se encontraron algunas diferencias notables, como la ausencia completa de ácido dicaffeoylquínico en y kaempferol-3,7-O-diglucósido y kaempferol 3-O-beta-(6-O-trans-p-cumaroyl)-glucopiranósido en. La población de las dos especies se agrupó por separado, con algunas variaciones, pero sin un patrón claro de dependencia de la localidad o la especie huésped. Basado en los resultados, se puede concluir que los flavonoides pueden ser utilizados como marcadores quimiotaxonómicos dentro del género, mostrando que incluso en diferentes condiciones climáticas y diferentes rangos de huéspedes, las dos especies estudiadas claramente diferían entre sí. Además, su rico contenido enfatiza el potencial de estos parásitos como fuente de compuestos bioactivos.