La salinidad del suelo es una restricción severa en la productividad de los cultivos que desencadena vías de respuesta al estrés salino de las plantas. Las respuestas al estrés salino están controladas por redes reguladoras de transcripción que mejoran la tolerancia al estrés de las plantas manipulando la expresión de genes que codifican factores de transcripción (FT). La identificación de FT asociados con la tolerancia a la sal contribuye a la cría de cultivos tolerantes a la sal. En este estudio, se realizó un análisis comparativo del transcriptoma para investigar la expresión génica global de todos los FT en arroz diploide y autotetraploide con diferentes niveles de tolerancia a la sal, considerando el estrés de NaCl, el estrés de NaOH y el estrés de NaCO. Un total de 54, 54 y 55 familias de FT fueron co-expresadas en raíces diploides y tetraploides bajo tres tipos de estrés, respectivamente. Además, investigamos FT diferencialmente expresados (DE-FT) basados en diferentes comparaciones, y el análisis estadístico indicó que los DE-FT derivados de los tres tipos de estrés fueron los siguientes: NaCO (53 familias de FT, 1356 DE-FT) > NaCl (19 familias de FT, 214 DE-FT) > NaOH (18 familias de FT, 152 DE-FT). Estos resultados implican que el estrés de NaCO indujo respuestas biológicas más evidentes en las raíces que los otros dos estresores. El análisis de enriquecimiento de GO y vías KEGG de los DE-FT reveló la importancia de la transducción de señales de hormonas vegetales y las vías de señalización de MAPK que pueden contribuir a la tolerancia salina-alcalina del arroz tetraploide. Este estudio proporciona recursos génicos valiosos para explorar el mecanismo regulador de los FT involucrados en la tolerancia salina-alcalina del arroz poliploide.