Análisis de Transcriptoma de Longitud Completa y Expresión Génica de Diferentes Tejidos Adiposos Revela Variantes de Transcritos Involucradas en la Biosíntesis de Lípidos
Autores: An, Lixia; Pan, Yangyang; Yuan, Mengjiao; Wen, Zhonghao; Qiao, Liying; Wang, Weiwei; Liu, Jianhua; Li, Baojun; Liu, Wenzhong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Análisis de Transcriptoma de Longitud Completa y Expresión Génica de Diferentes Tejidos Adiposos Revela Variantes de Transcritos Involucradas en la Biosíntesis de Lípidos
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Ovejas
Tejido adiposo
Genes
Metabolismo
Secuenciación
Isoformas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Las ovejas han sido criadas históricamente a nivel mundial como una fuente de alimento vital. Para explorar el transcriptoma del tejido adiposo e investigar los genes clave que regulan el metabolismo adiposo en las ovejas, se obtuvieron muestras de tejido adiposo de ovejas F1 Dorper x Hu. Se construyeron bibliotecas de secuenciación de alto rendimiento para la secuenciación de segunda y tercera generación utilizando ARN total extraído. La anotación funcional de los genes y isoformas expresados diferencialmente facilitó la identificación de genes y isoformas regulatorios clave asociados con el metabolismo de grasas en las ovejas. SMRT-seq generó 919,259 secuencias de cDNA de alta precisión después de la filtración. Las secuencias de longitud completa se corrigieron utilizando secuencias de RNA-seq, y se obtuvieron 699,680 lecturas de longitud completa no quiméricas (FLNC) de alta calidad. Al evaluar la proporción de longitudes totales basadas en la secuenciación FLNC, se determinó que 36,909 de 56,316 isoformas de múltiples exones cumplían con los criterios para el estado de longitud completa. Esto indica la identificación de 330,375 transcritos FLNC de longitud completa entre los 370,114 transcritos FLNC de múltiples exones. Al comparar los genomas de referencia, se identificaron 60,276 loci y 111,302 isoformas. Además, se identificaron 43,423 nuevos genes y 44,563 nuevas isoformas. Los resultados identificaron 185 (3198), 394 (3592) y 83 (3286) genes (transcritos) expresados diferencialmente entre los tejidos adiposos de cola y subcutáneo, cola y visceral, y subcutáneo y visceral, respectivamente. La anotación funcional y el análisis de vías revelaron las siguientes observaciones. (1) Entre los genes expresados diferencialmente (DEGs) de los tejidos TF y SF, se observó la downregulación de , , y en SF, mientras que se observó la upregulación de . (2) Entre los DEGs de los tejidos TF y VF, las expresiones de , , , , y se downregularon en VF, con upregulación de . (3) Entre las expresiones de SF y VF, se downregularon , y en VF. Se identificaron genes expresados diferencialmente específicos (, , , , , , y ) y transcritos (NC_056066.1.1866.16 y NC_056066.1.1866.22) como relevantes para el metabolismo de grasas. Estos resultados proporcionan un conjunto de datos para la verificación adicional de la vía reguladora asociada con el metabolismo de grasas en las ovejas.
Descripción
Las ovejas han sido criadas históricamente a nivel mundial como una fuente de alimento vital. Para explorar el transcriptoma del tejido adiposo e investigar los genes clave que regulan el metabolismo adiposo en las ovejas, se obtuvieron muestras de tejido adiposo de ovejas F1 Dorper x Hu. Se construyeron bibliotecas de secuenciación de alto rendimiento para la secuenciación de segunda y tercera generación utilizando ARN total extraído. La anotación funcional de los genes y isoformas expresados diferencialmente facilitó la identificación de genes y isoformas regulatorios clave asociados con el metabolismo de grasas en las ovejas. SMRT-seq generó 919,259 secuencias de cDNA de alta precisión después de la filtración. Las secuencias de longitud completa se corrigieron utilizando secuencias de RNA-seq, y se obtuvieron 699,680 lecturas de longitud completa no quiméricas (FLNC) de alta calidad. Al evaluar la proporción de longitudes totales basadas en la secuenciación FLNC, se determinó que 36,909 de 56,316 isoformas de múltiples exones cumplían con los criterios para el estado de longitud completa. Esto indica la identificación de 330,375 transcritos FLNC de longitud completa entre los 370,114 transcritos FLNC de múltiples exones. Al comparar los genomas de referencia, se identificaron 60,276 loci y 111,302 isoformas. Además, se identificaron 43,423 nuevos genes y 44,563 nuevas isoformas. Los resultados identificaron 185 (3198), 394 (3592) y 83 (3286) genes (transcritos) expresados diferencialmente entre los tejidos adiposos de cola y subcutáneo, cola y visceral, y subcutáneo y visceral, respectivamente. La anotación funcional y el análisis de vías revelaron las siguientes observaciones. (1) Entre los genes expresados diferencialmente (DEGs) de los tejidos TF y SF, se observó la downregulación de , , y en SF, mientras que se observó la upregulación de . (2) Entre los DEGs de los tejidos TF y VF, las expresiones de , , , , y se downregularon en VF, con upregulación de . (3) Entre las expresiones de SF y VF, se downregularon , y en VF. Se identificaron genes expresados diferencialmente específicos (, , , , , , y ) y transcritos (NC_056066.1.1866.16 y NC_056066.1.1866.22) como relevantes para el metabolismo de grasas. Estos resultados proporcionan un conjunto de datos para la verificación adicional de la vía reguladora asociada con el metabolismo de grasas en las ovejas.