La calidad de la carne de cerdo se ve parcialmente afectada por la composición de razas, mientras que la composición de razas es difícil de deconvolucionar debido a la falta de un panel de referencia y una pipeline integral. En este estudio, establecimos el panel de referencia de ascendencia y desarrollamos una pipeline integral para identificar la composición de razas en cerdos de raza pura y cruzados. En resumen, el panel de referencia de ascendencia contiene 3 razas comerciales y 38 razas indígenas para la identificación de razas. Encontramos que el flujo de trabajo podría identificar favorablemente la información de raza para las razas puras. Además, también podría deconvolucionar favorablemente la composición de razas para las razas cruzadas en cerdos. Sugerimos que el flujo de trabajo podría ser utilizado para identificar la composición de razas y evaluar la calidad de la carne de cerdo de los cerdos.