El maíz genéticamente modificado (L.) MON810 fue aprobado para importación a China para uso en alimentación en 2004; sin embargo, los datos de localización sobre las secuencias de inserción exógenas, que confieren resistencia a insectos, han sido cuestionables. Las plantas de maíz MON810 descubiertas en el noreste de China se utilizaron para analizar las características moleculares de la inserción exógena. Utilizando secuenciación PacBio-HiFi y ensayos de PCR, encontramos que la inserción estaba ubicada en el cromosoma 8, y había un promotor, un intrón y un gen insecticida, excepto por la inserción de la secuencia del genoma en el evento MON810. Importante, las secuencias flanqueantes 5 y 3 estaban ubicadas en la región de 55869747-55879326 y 68416240-68419152 en el cromosoma 5, respectivamente. Los resultados de este estudio corrigen resultados anteriores sobre la localización genómica de la estructura de inserción para el evento MON810. También encontramos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) en el intrón, que es muy probablemente el primer SNP encontrado en una secuencia de inserción transgénica. La amplificación por PCR junto con la secuenciación Sanger, PCR específica de alelos (AS-PCR) y ensayos de amplificación por desplazamiento de bloqueadores (BDA) fueron todos efectivos para detectar la variación de bases. La estrategia integrada utilizada en este estudio puede servir como modelo para otros casos al enfrentar desafíos similares que involucren eventos de modificación genética parcialmente caracterizados o SNPs.