Los espermatozoides descongelados, muestreados post mortem de los epidídimos frescos de ciervos rojos europeos y epidídimos almacenados durante hasta 12 h a 2-4 grados C, fueron evaluados mediante microscopía de fluorescencia (FM) y citometría de flujo (FC). Las muestras de esperma fueron diluidas y criopreservadas. Se evaluaron la motilidad del esperma (CASA), la viabilidad del esperma (SYBR/PI), la integridad del acrosoma, la actividad mitocondrial, los cambios apoptóticos y la estabilidad de la cromatina. El esperma fue analizado por FM antes de la criopreservación, y por FM y FC después de la descongelación. El tiempo de almacenamiento epididimal (durante 12 h) no tuvo un efecto significativo (> 0.05) en las variables examinadas antes de la criopreservación. Después de la descongelación, las variantes de almacenamiento diferían (< 0.05) en el porcentaje de espermatozoides apoptóticos (FM y FC) y en la integridad del ADN (FC). Los resultados de FM y FC diferían (< 0.05) en todos los parámetros analizados, excluyendo SYBR/PI. Se observaron correlaciones significativas (< 0.01) entre la viabilidad del esperma, la integridad del acrosoma y el porcentaje de espermatozoides no apoptóticos, independientemente de la técnica aplicada. En FM, los parámetros mencionados también estaban significativamente correlacionados con la actividad mitocondrial. El estudio demostró que los espermatozoides de ciervos rojos europeos almacenados en los epidídimos a 2-4 grados C durante 12 h pueden ser utilizados para la criopreservación. Ambas técnicas fueron igualmente fiables, pero FM fue más adecuada para evaluar la actividad mitocondrial, mientras que FC fue más útil en la evaluación de la fragmentación del ADN.