Las cabras de cachemira son recursos genéticos valiosos que son famosas en todo el mundo por su fibra de alta calidad. Se han identificado tramos de homocigosidad (ROHs) como una herramienta eficiente para evaluar el nivel de endogamia e identificar genes relacionados bajo selección. Sin embargo, hay una investigación limitada sobre los ROHs en cabras de cachemira. Por lo tanto, investigamos el patrón de ROH, evaluamos los niveles de endogamia genómica y examinamos los genes candidatos asociados con el rasgo de cachemira utilizando datos de resecuenciación de genoma completo de 123 cabras. En este estudio, la cabra de cachemira de Mongolia Interior presentó el coeficiente de endogamia más bajo de 0.0263. En total, identificamos 57,224 ROHs. Se detectaron setenta y cuatro islas de ROH que contenían 50 genes. Ciertos genes identificados estaban relacionados con la producción de carne, fibra y leche; fertilidad; resistencia a enfermedades o al frío y adaptabilidad; y tamaño corporal y crecimiento. Se identificaron 135 ROHs de consenso, y encontramos que los genes candidatos estaban asociados con la longitud o el color de la fibra. Estos hallazgos mejoran nuestra comprensión de los niveles de endogamia en cabras de cachemira y las bases genéticas de los rasgos influenciados por la cría selectiva. Esta investigación contribuye significativamente al futuro de la cría, conservación y uso de cabras de cachemira y otras razas de cabras.