El objetivo del trabajo fue evaluar la dinámica del desarrollo de la innovación regional y comparar las regiones rusas según su eficiencia en innovación, los recursos utilizados y los resultados alcanzados. Para estimar los efectos directos e indirectos de la innovación, este estudio utilizó datos sobre las regiones rusas de acuerdo con variables del volumen de productos innovadores, la participación de productos de alta tecnología en la estructura del producto regional bruto (PRB), el número de patentes utilizadas y la inversión en actividad de innovación para el período 2006-2017. Para obtener una muestra representativa, se aplicó un análisis de clúster como paso preliminar, lo que permitió seleccionar un grupo de regiones que estaban más avanzadas en términos de su desarrollo innovador. Se aplicaron modelos de análisis envolvente de datos orientados a resultados para el cálculo del Índice de Productividad de Malmquist. Los resultados obtenidos indican el crecimiento promedio de la productividad total de los factores del desarrollo de la innovación regional a lo largo del tiempo. La principal fuente de desarrollo innovador proviene en gran medida de la economía de escala, mientras que la efectividad de los sistemas de innovación regionales aumenta básicamente a través de bases de recursos más amplias, en lugar de a través de su utilización efectiva. Los hallazgos de la investigación pueden aplicarse para diagnosticar la efectividad de la innovación regional, justificar la inversión pública en investigación y desarrollo (I+D) e identificar las prioridades de la política de innovación regional para regiones específicas.