se convirtió en el organismo modelo para estudios de plantas debido a su pequeño genoma diploide, ciclo de vida rápido y tamaño adulto corto. Su genoma fue el primero entre las plantas en ser secuenciado, convirtiéndose en la referencia en genómica vegetal. Sin embargo, el genoma se caracteriza por una organización inherentemente compleja, ya que ha sufrido duplicaciones completas de genoma antiguas, seguidas de reducción de genes, eventos de diploidización y reordenamientos extensos, que reubicaron y dividieron las porciones retenidas. Estos eventos, junto con las probables reducciones cromosómicas, aumentaron drásticamente la complejidad del genoma, limitando su papel como referencia. La identificación de paralogos y genes de copia única dentro de un genoma altamente duplicado es un requisito previo para entender su organización y evolución y para mejorar su explotación en genómica comparativa. Esto sigue siendo controvertido, incluso en el genoma ampliamente estudiado. Esto también se debe a la falta de una tubería bioinformática de referencia que pudiera identificar exhaustivamente paralogos y genes singleton. Aquí describimos una estrategia computacional completa para detectar tanto genes duplicados como de copia única en un genoma, discutiendo todos los problemas metodológicos que pueden afectar fuertemente los resultados, su calidad y su fiabilidad. Este enfoque se utilizó para analizar la organización de los genes que codifican proteínas nucleares, y además de clasificar paralogos definidos computacionalmente en redes y genes de copia única en diferentes clases, desveló aspectos intrigantes adicionales sobre la anotación del genoma y las relaciones genéticas en esta especie vegetal de referencia. Dado que nuestros resultados pueden ser útiles para la genómica comparativa y análisis funcionales del genoma, organizamos una interfaz web dedicada para hacerlos accesibles a la comunidad científica.