Hu es la única especie que se utiliza tanto para fines comestibles como medicinales entre las 194 especies del género en China. Es bien conocida por sus frutas frescas agridulces que son ricas en vitaminas y por sus frutos inmaduros secos que se utilizan para tratar afecciones relacionadas con los riñones. Este estudio tiene como objetivo evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional y construir un repositorio de germoplasma central de 132 accesiones de las provincias de Jiangxi y Fujian, utilizando marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) derivados de Hyper-seq. Este es el primer estudio genético basado en marcadores moleculares SNP, y se identificaron un total de 1,303,850 SNPs y 433,159 inserciones/borrados (InDels). Los bajos valores de heterocigosidad observada, diversidad nucleotídica (Pi) e índices de fijación (Fis) indicaron baja diversidad genética dentro de las poblaciones, y un análisis de varianza molecular (AMOVA) mostró que el 37.4% y el 62.6% de las variaciones se encontraron entre poblaciones y dentro de las muestras, respectivamente. Se identificaron cuatro grupos principales mediante árboles de vecino uniendo (NJ), el programa ADMIXTURE y análisis de componentes principales (PCA). Basado en la diversidad genética, finalmente construimos 38 colecciones centrales representativas, que representan el 50% de las muestras totales de germoplasma central y el 95.3% de los genotipos. En resumen, los resultados de nuestro estudio pueden proporcionar información valiosa sobre la estructura genética de los recursos de germoplasma, lo que es útil para futuras exploraciones de genes potencialmente de alta calidad y para formular estrategias de cría y conservación futuras.