La valeriana común ( L.) es una de las plantas medicinales más importantes, con un efecto sedante suave, nervino, antiespasmódico y relajante. A pesar de un número sustancial de estudios sobre esta especie, la diversidad genética y la estructura de la población aún no han sido analizadas. Aquí, utilizamos una técnica de secuenciación de tecnología de matriz de diversidad basada en secuenciación de próxima generación (DArT-seq) para analizar accesiones del banco genético polaco que provienen de poblaciones silvestres y cultivares. El resultado más importante y también sorprendente de nuestro trabajo es el bajo nivel de heterocigosidad observada en plantas individuales de poblaciones naturales, a pesar de que la especie está ampliamente distribuida en el área estudiada. El endogamia en especies naturalmente cruzadas como la valeriana disminuye el éxito reproductivo. El análisis de la estructura de la población mostró la presencia potencial de una metapoblación en la parte central de Polonia y la formación de un pool génico distinto en las montañas de Bieszczady. Los resultados también indican la presencia del pool génico cultivado dentro de poblaciones silvestres en la región donde la especie se cultiva para las necesidades de la industria farmacéutica, lo que podría llevar a desequilibrios estructurales y genéticos en las poblaciones silvestres.