Los mecanismos subyacentes a las respuestas de la vid al estrés por falta de agua son cruciales para la viticultura en medio de los crecientes desafíos del cambio climático. El reanálisis de datos previos de transcriptoma descubrió disparidades entre cultivares de vid isohídricos y anisohídricos en la gestión de la escasez de agua. Al utilizar un mapa autoorganizado (SOM) para representar el transcriptoma, elucidamos trayectorias específicas de expresión génica, arrojando luz sobre la interacción dinámica de los programas transcripcionales a medida que avanza la duración del estrés. La anotación funcional revela vías clave involucradas en la respuesta a la sequía, señalando posibles objetivos para mejorar la resiliencia a la sequía en el cultivo de la vid. Nuestros resultados indican respuestas de expresión génica distintas, con el cultivar isohídricos favoreciendo el crecimiento de la planta y posiblemente la síntesis de estilbenoides, mientras que el cultivar anisohídricos se involucra más en la respuesta al estrés y en los mecanismos de gestión del agua. Notablemente, el estrés por falta de agua prolongado conduce a respuestas de estrés convergentes en ambos cultivares, particularmente a través de la activación de chaperonas para la mitigación del estrés. Estos hallazgos subrayan la importancia de comprender las respuestas específicas al estrés por falta de agua de cada cultivar para desarrollar estrategias vitícolas sostenibles ante el cambio climático.