Estructura de Población y Mapeo de Asociación para Rasgos Agronómicos y Bioquímicos de un Gran Germoplasma de Manzana Español
Autores: Mignard, Pierre; Font i Forcada, Carolina; Giménez, Rosa; Moreno, María Ángeles
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Estructura de Población y Mapeo de Asociación para Rasgos Agronómicos y Bioquímicos de un Gran Germoplasma de Manzana Español
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Control genético
Desequilibrio de ligamiento
Estructura de población
Marcadores SSR
Análisis de mapeo de asociación
Rasgos fenotípicos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
Un conocimiento básico del desequilibrio de ligamiento y la estructura poblacional es necesario para determinar el control genético e identificar asociaciones significativas con compuestos agronómicos y fitoquímicos en la manzana (Borkh). En este estudio, se evaluaron 186 accesiones de manzana (Pop1), que representan tanto accesiones nativas españolas (94) como cultivares no españoles (92) de la colección central de manzanas EEAD-CSIC, utilizando 23 marcadores SSR. Se consideraron cuatro poblaciones: Pop1, Pop2, Pop3 y Pop4. La Pop1 inicial se dividió en 150 accesiones diploides (Pop2) y 36 accesiones triploides (Pop3), mientras que para el análisis de desequilibrio de ligamiento inter-cromosómico y el mapeo de asociaciones, se consideraron 118 accesiones diploides fenotípicas como Pop4. Así, el número promedio de alelos por locus y la heterocigosidad observada para el conjunto de muestras en general (Pop1) fueron 15.65 y 0.75, respectivamente. El análisis de la estructura poblacional identificó dos subpoblaciones en las accesiones diploides (Pop2 y Pop4) y cuatro en las triploides (Pop3). En cuanto a la Pop4, la estructura poblacional con K = 2 subpoblaciones segregadas estaba de acuerdo con el análisis de clúster UPGMA según las distancias genéticas por pares. Además, las accesiones parecían estar segregadas por su origen (español/no español) en el análisis de agrupamiento. Una de las dos subpoblaciones encontradas estaba formada casi exclusivamente por accesiones no españolas (30 de 33). Además, se evaluaron parámetros agronómicos y básicos de calidad de fruta, rasgos antioxidantes, azúcares individuales y ácidos orgánicos para el análisis de mapeo de asociaciones. Se exhibió un alto nivel de biodiversidad en la caracterización fenotípica de Pop4, y se encontraron un total de 126 asociaciones significativas entre los 23 marcadores SSR y los 21 rasgos fenotípicos evaluados. Este estudio también identificó muchas nuevas asociaciones de rasgos marcador-locus por primera vez, como en los rasgos antioxidantes o en azúcares y ácidos orgánicos, que pueden ser útiles para predicciones y para una mejor comprensión del genoma de la manzana.
Descripción
Un conocimiento básico del desequilibrio de ligamiento y la estructura poblacional es necesario para determinar el control genético e identificar asociaciones significativas con compuestos agronómicos y fitoquímicos en la manzana (Borkh). En este estudio, se evaluaron 186 accesiones de manzana (Pop1), que representan tanto accesiones nativas españolas (94) como cultivares no españoles (92) de la colección central de manzanas EEAD-CSIC, utilizando 23 marcadores SSR. Se consideraron cuatro poblaciones: Pop1, Pop2, Pop3 y Pop4. La Pop1 inicial se dividió en 150 accesiones diploides (Pop2) y 36 accesiones triploides (Pop3), mientras que para el análisis de desequilibrio de ligamiento inter-cromosómico y el mapeo de asociaciones, se consideraron 118 accesiones diploides fenotípicas como Pop4. Así, el número promedio de alelos por locus y la heterocigosidad observada para el conjunto de muestras en general (Pop1) fueron 15.65 y 0.75, respectivamente. El análisis de la estructura poblacional identificó dos subpoblaciones en las accesiones diploides (Pop2 y Pop4) y cuatro en las triploides (Pop3). En cuanto a la Pop4, la estructura poblacional con K = 2 subpoblaciones segregadas estaba de acuerdo con el análisis de clúster UPGMA según las distancias genéticas por pares. Además, las accesiones parecían estar segregadas por su origen (español/no español) en el análisis de agrupamiento. Una de las dos subpoblaciones encontradas estaba formada casi exclusivamente por accesiones no españolas (30 de 33). Además, se evaluaron parámetros agronómicos y básicos de calidad de fruta, rasgos antioxidantes, azúcares individuales y ácidos orgánicos para el análisis de mapeo de asociaciones. Se exhibió un alto nivel de biodiversidad en la caracterización fenotípica de Pop4, y se encontraron un total de 126 asociaciones significativas entre los 23 marcadores SSR y los 21 rasgos fenotípicos evaluados. Este estudio también identificó muchas nuevas asociaciones de rasgos marcador-locus por primera vez, como en los rasgos antioxidantes o en azúcares y ácidos orgánicos, que pueden ser útiles para predicciones y para una mejor comprensión del genoma de la manzana.