Para lograr el desarrollo sostenible de la industria avícola, la conservación efectiva de los recursos genéticos se ha vuelto cada vez más importante. En el presente estudio, elucidamos sistemáticamente la estructura poblacional, la prioridad de conservación y los patrones de corridas de homocigosidad (ROH) de las razas de gallinas nativas chinas. Utilizamos un conjunto de datos de genotipado de alta densidad de 157 gallinas nativas de ocho razas. La estructura poblacional mostró diferentes grados de estratificación poblacional entre las razas. La gallina Chahua fue la raza más diferenciada de las otras razas (Nei = 0.0813), y la gallina tres amarillas de Wannan (WanTy) mostró el menor grado de diferenciación (Nei = 0.0438). Con base en la prioridad de contribución, la gallina Xiaoshan tuvo la mayor contribución a la diversidad genética total (1.41%) y la máxima diversidad genética de la población sintética (31.1%). La gallina WanTy mostró la mayor contribución a la diversidad alélica total (1.31%) y la máxima diversidad alélica de la población sincrónica (17.0%). Se detectaron un total de 5242 fragmentos de ROH y 5 regiones de islas de ROH. El fragmento de ROH más largo fue de 41.51 Mb. Una comparación de las regiones genómicas superpuestas entre las islas de ROH y los QTL en la base de datos de loci de rasgos cuantitativos (QTL) mostró que los genes candidatos anotados estaban involucrados en rasgos económicos cruciales como la inmunidad, el peso de la canal, el desarrollo de la parte inferior de la pierna y los músculos de la pierna, la calidad del huevo y la producción de huevos, la precipitación de grasa abdominal, el peso corporal y la ingesta de alimento. En conclusión, nuestros hallazgos revelaron que Chahua, Xiaoshan y WanTy deberían ser las razas prioritarias para la conservación, lo que ayudará a optimizar los programas de conservación y cría para las razas de gallinas indígenas chinas.