La superfamilia Certhioidea comprende actualmente cinco familias. Debido a la rápida diversificación, la filogenia de Certhioidea sigue siendo controvertida. La llegada de la secuenciación de nueva generación proporciona una oportunidad única para un estudio a nivel de mitogenoma. Aquí, primero proporcionamos seis nuevos mitogenomas completos de Certhioidea. Además, prestamos atención a las características genómicas, el uso de codones, las tasas evolutivas y la filogenia de los mitogenomas de Certhioidea. Todos los mitogenomas que analizamos mostraron un orden de genes aviares ancestrales típico con 13 genes codificadores de proteínas (PCGs), 22 tRNAs, 2 rRNAs y una región de control (CR). Nuestro estudio indicó que la asimetría composicional sesgada por la cadena podría moldear las preferencias de uso de codones en los genes mitocondriales. Además, la selección natural podría ser el principal factor que moldea los usos de codones de los genes. Adicionalmente, los análisis de tasas evolutivas indicaron que todos los genes mitocondriales estaban bajo selección purificadora. Además, uno de los genes era el que evolucionaba más rápidamente y otro era un gen conservado, respectivamente. Según nuestros análisis mitofilogenéticos, las monofilias de Troglodytidae y Sittidae estaban fuertemente respaldadas. Importante, sugerimos que debería separarse de Certhiidae y colocarse en Salpornithidae para mantener la monofilia de Certhiidae. Nuestros hallazgos son útiles para futuros estudios evolutivos dentro de Certhioidea.