La mancha bacteriana de las hojas (BLB), una de las enfermedades más graves en la producción de arroz, es causada por pv. (). , el gen de resistencia más amplio contra BLB en arroz, se utiliza ampliamente en la mejora del arroz. En este estudio, la variedad de arroz CBB23 que porta el gen de resistencia Xa23 fue inoculada con AH28 y PXO99 para identificar genes diferencialmente expresados (DEGs) asociados con la resistencia. La secuenciación del transcriptoma de las hojas infectadas mostró 7997 DEGs entre las dos cepas en diferentes momentos, la mayoría de los cuales estaban regulados al alza, incluidos genes clonados de arroz anti-blight, peroxidasa, relacionados con la patología, quinasa, glucosidasa y otros genes codificadores, así como genes relacionados con la síntesis de lignina, ácido salicílico, ácido jasmónico y metabolitos secundarios. Además, los DEGs incluyeron 40 genes clonados, cinco NBS-LRR, nueve de la familia SWEET y siete genes de aminoliasa de fenilalanina, y 431 factores de transcripción se expresaron diferencialmente, la mayoría de los cuales pertenecían a las familias WRKY, NAC, AP2/ERF, bHLH y MYB. El análisis metabolómico mostró que una gran cantidad de contenido de metabolitos alcaloides y terpenoides disminuyó significativamente después de la inoculación con AH28 en comparación con la inoculación con PXO99, mientras que el contenido de aminoácidos y sus derivados aumentó significativamente. Este estudio es útil para descubrir más a fondo el mecanismo patogénico de AH28 y PXO99 en el arroz CBB23 y proporciona una base teórica para la clonación y la investigación del mecanismo molecular relacionado con la resistencia a BLB en el arroz.