Investigamos la comunidad viral en el pez gato amarillo utilizando tecnología de secuenciación de ARN en tres ubicaciones (Fuling, Luzhou y Wanzhou) en los tramos superiores del río Yangtsé. Se identificaron once especies virales, que comprenden cuatro virus de ADN de doble cadena, dos virus de ADN de cadena sencilla y cinco virus de ARN de cadena sencilla. Se detectó un número significativo de secuencias de fagos en estos tres sitios de muestreo, representando familias como , , , y otras familias de fagos, la mayoría de las cuales pertenecían al orden . Notablemente, el viroma derivado de Wanzhou exhibió un patrón distinto en la composición de su comunidad viral, caracterizado por una alta abundancia del orden . Además, se identificó como la familia viral predominante en Fuling. Nuestros hallazgos ofrecen nuevas perspectivas sobre la diversidad viral y las dinámicas de transmisión en el pez gato amarillo.