El anchote es un cultivo tubérculo de alta potencialidad en seguridad alimentaria y nutricional en Etiopía que ha sido descuidado. La fenotipificación de colecciones de germoplasma central utilizando marcadores agro-morfológicos y fisiológicos es esencial para la mejora y utilización efectiva del cultivo. Se perfiló un total de 282 germoplasmas de anchote utilizando seis rasgos cualitativos y veintiséis rasgos cuantitativos agro-morfológicos y fisiológicos. Se utilizó un Diseño de Bloques Aumentados para el experimento en el Centro de Investigación Agrícola de Debre Zeit. La prueba de chi-cuadrado y el índice de diversidad de Shannon indicaron la presencia de una variación fenotípica y diversidad sustancial entre los accesos basada en los rasgos cualitativos predominantes estudiados. Los rasgos agro-morfológicos y fisiológicos cuantitativos mostraron una mayor variabilidad y rangos para los accesos. La heredabilidad en sentido amplio y el avance genético como porcentaje de la media fueron notablemente altos para rasgos cuantitativos como el rendimiento de raíz, la longitud de la enredadera y el índice de área foliar. Se observó una correlación positiva significativa entre rasgos agronómicamente importantes como el rendimiento de raíz y el diámetro de raíz, así como el rendimiento de raíz y el área foliar. El análisis de componentes principales para rasgos cualitativos y cuantitativos encontró que diez componentes explicaron el 72.2% de la variación para rasgos cualitativos, mientras que nueve componentes representaron el 69.96% de la variación en rasgos cuantitativos. Los principales contribuyentes a las variaciones son rasgos como raíz (forma, color de pulpa y rendimiento), hoja (color, longitud, diámetro, área) y fruto (longitud, diámetro y peso). Además, los accesos se agruparon en dos y tres clústeres basados en rasgos cualitativos y cuantitativos, respectivamente, lo que indica que los caracteres cuantitativos diferenciaron mejor entre los accesos. De manera similar, el tanglegram mostró poca similitud entre los rasgos agro-morfológicos y fisiológicos cualitativos y cuantitativos en la agrupación de los accesos. Estos hallazgos indican la presencia de una variación considerable de rasgos entre los accesos que puede ser explotada como un marcador de selección para diseñar y facilitar estrategias de conservación y mejoramiento del anchote.