Las cardueae son una especie común en la zona mediterránea donde crecen espontáneamente y se emplean tradicionalmente como alimento y con fines de salud. En este trabajo, se recolectaron cinco Cardueae, incluyendo dos especies sub-endémicas (cuatro y tres muestras de (L.) Greuter de diferentes localidades) de las islas de Cerdeña y Córcega. Todas las plantas consideradas son características de la zona, en particular las especies sub-endémicas. Este trabajo tiene como objetivo obtener, por primera vez, el perfil de compuestos aminoácidos (metabolitos primarios) de estas especies poco estudiadas para detectar similitudes y diferencias entre las diferentes muestras utilizando análisis estadísticos. Se empleó un método recientemente desarrollado, donde se detectan derivados de dietilo etoximetilenmalonato (DEEMM) en un modo de escaneo de pérdida neutral utilizando cromatografía líquida de alta resolución en tándem con una técnica de espectrometría de masas. En total, se detectaron 42 compuestos aminoácidos, de los cuales 33 fueron completamente identificados y semi-cuantificados. En general, los resultados muestran que los compuestos aminoácidos derivados de DEEMM son cualitativamente similares entre las muestras consideradas. No obstante, es posible una discriminación a nivel de género. Este trabajo añade más información sobre la composición fitoquímica en relación con los metabolitos primarios de las muestras consideradas, sus discriminaciones y la búsqueda de compuestos con potenciales beneficios para la salud.