Este estudio tuvo como objetivo proporcionar información sobre la presencia y frecuencia de agentes virales y parasitarios en la fauna silvestre presentada a un Hospital Veterinario de Enseñanza en 2020-2021. Se recolectaron muestras de suero y heces de 50 animales rescatados (ciervos, ciervos de cola blanca, zorros, tejones, martas y puercoespines) y se examinaron mediante técnicas serológicas, moleculares y parasitológicas. También se recolectó un lavado transtraqueal (TTW) post-mortem de un ciervo. En general, los resultados de las diferentes técnicas mostraron infecciones con los siguientes agentes virales y parasitarios: Virus de la Diarrea Viral Bovina, Lentivirus de Rumiantes Menores, strongilos gastrointestinales, y. La secuenciación (locus Tpi) identificó subensamblajes AI y BIV en un ciervo y un puercoespín, respectivamente. Los gusanos pulmonares adultos recolectados del TTW fueron identificados como (gen COX1). Esta es la primera identificación molecular del subensamblaje AI en ciervos en Italia. Estos resultados muestran una amplia presencia de patógenos en poblaciones silvestres y proporcionan una visión general de la vigilancia de la salud ambiental.