Las bacterias sin pared celular (forma L) muestran complejidad y heterogeneidad morfológica, complicando el análisis cuantitativo de ellas bajo estímulos internos y externos. Se requiere un etiquetado estable y eficiente para el análisis celular cuantitativo basado en fluorescencia de las formas L durante el crecimiento y la proliferación. Aquí, evaluamos la expresión de múltiples proteínas fluorescentes (FPs) bajo diferentes promotores en la cepa de forma L LR2 utilizando microscopía confocal y citometría de flujo de imagen. Entre otros, P-derivado mostró un rendimiento superior para inducir varias FPs incluyendo EGFP y mKO2 tanto en las cepas salvajes como en las formas L. Además, también fue activo en y su cepa de forma L NC-7. Empleando estas cepas etiquetadas con FP establecidas, demostramos morfologías distintas en las bacterias en forma L de manera cuantitativa. Dado que las bacterias deficientes en pared celular son consideradas modelos de protocélulas y células sintéticas, las líneas celulares generadas en nuestro trabajo podrían ser valiosas para la investigación basada en formas L.