La cefalea en racimos (CH) pertenece al grupo III de la Clasificación Internacional de Cefaleas. Se caracteriza por ataques de dolor severo en el área ocular/periocular acompañados de signos autonómicos craneales, incluyendo activación parasimpática y hipofunción simpática en el lado sintomático. La pigmentación del iris ocurre en el período neonatal y depende del tono simpático en cada ojo. Hipotetizamos que la presencia de cambios de color en el iris, visibles o sutiles, en ambos ojos podría usarse como un biomarcador cuantitativo para el cribado y la detección temprana de CH. Este trabajo examina el alcance de un sistema automático de apoyo al diagnóstico para la detección temprana de CH, utilizando como indicador la tasa de error proporcionada por un clasificador estadístico diseñado para identificar el ojo (izquierdo vs. derecho) a partir de píxeles del iris en imágenes en color. Se realizaron pruebas sistemáticas en una base de datos con imágenes de 11 sujetos (cuatro con CH, cuatro con otras enfermedades oftálmicas que afectan la pigmentación del iris y tres sujetos de control). Se abordaron varios aspectos para diseñar el clasificador, incluyendo: (a) el espacio de color más conveniente para el clasificador estadístico; (b) si el uso de características asociadas a varios espacios de color es conveniente; (c) la robustez del clasificador a subregiones espaciales del iris; (d) la contribución del vecindario de píxeles. Nuestros resultados mostraron que un valor reducido para la tasa de error (inferior a 0.25) puede usarse como marcador de CH, mientras que las regiones estructurales de la imagen del iris deben tenerse en cuenta. El análisis de características del color del iris utilizando clasificación estadística es una técnica potencialmente útil para investigar trastornos que afectan el sistema nervioso autónomo en CH.