La metilación y acetilación de histonas juegan un papel crucial en la respuesta a señales de desarrollo y cambios ambientales. Anteriormente, utilizamos espectrometría de masas para identificar modificaciones de histonas como H3K27ac y H3K36me3 en el diatome modelo, que han demostrado ser importantes para la activación transcripcional en especies animales y vegetales. Para investigar más a fondo sus implicaciones evolutivas, utilizamos inmunoprecipitación de cromatina seguida de secuenciación profunda (ChIP-Seq) y exploramos su distribución a nivel genómico. Nuestro estudio tuvo como objetivo determinar su papel en la regulación transcripcional de genes y elementos transponibles (TEs) y su co-ocurrencia con otras marcas de histonas. Nuestros resultados revelaron que H3K27ac y H3K36me3 estaban predominantemente localizados en promotores y regiones génicas, indicando un alto patrón de conservación con estudios de las mismas marcas en plantas y animales. Además, informamos sobre la diversidad de genes que codifican para la metiltransferasa específica de trimetilación de lisina 36 (H3K36) en microalgas aprovechando diversos recursos de secuenciación, incluido el proyecto de secuenciación del transcriptoma eucariota microbiana marina (MMETSP). Nuestro estudio amplía el repertorio de marcas epigenéticas en una microalga modelo y proporciona valiosos conocimientos sobre el contexto evolutivo de la regulación génica mediada por epigenética. Estos hallazgos arrojan luz sobre la intrincada interacción entre las modificaciones de histonas y la expresión génica en microalgas, contribuyendo a nuestra comprensión del amplio paisaje epigenético en organismos eucariotas.