El propósito de este estudio fue comparar la concentración de proteína total, así como la composición y abundancia de microorganismos cultivables en aerosoles atmosféricos recolectados sobre los pantanos de Vasyugan y el bosque de pinos de Karakan durante un vuelo en septiembre de 2018 a altitudes de 500 a 7000 m. Las concentraciones determinadas de proteína total en las muestras de Karakan fueron en promedio mucho menores que las de la misma área en septiembre de otros años. La concentración y composición de microorganismos en las muestras de aerosol se determinaron mediante métodos culturales y genotipificación de aislados. Se revelaron dependencias de altitud de las concentraciones de proteína total y microorganismos cultivables. Se encontró un perfil de altitud bastante estable de la concentración de microorganismos cultivables sobre los pantanos de Vasyugan. No se encontraron microorganismos a altitudes de 4000 y 5500 m sobre el bosque de pinos de Karakan. Se aislaron bacterias no formadoras de esporas y formadoras de esporas, así como mohos y hongos similares a levaduras, de las muestras de aerosol. Se encontró una alta concentración de levaduras psicotolerantes cosmopolitas, capaces de causar micosis severas, y bacterias oportunistas. Se reveló una gran similitud de composición y una abundancia atípicamente alta de bacterias no formadoras de esporas y hongos similares a levaduras psicotolerantes en muestras tomadas a altitudes de 1000 y 500 m en ambas regiones estudiadas, lo que puede ser consecuencia del transporte horizontal a gran escala de capas de aire atmosférico contaminadas con microorganismos.