El aumento de la salinidad del suelo es una amenaza importante para la agricultura global y la seguridad alimentaria, causada principalmente por actividades antropogénicas y ciclos climáticos cambiantes. Las respuestas de las plantas a la salinidad implican múltiples capas regulatorias, desde la reprogramación del transcriptoma hasta cambios proteómicos y metabolómicos. El empalme alternativo (EA) juega un papel en la coordinación de la respuesta a la salinidad, sin embargo, su extensión, especificidad de tejido y condiciones, siguen siendo aspectos poco comprendidos. En este estudio, utilizamos 52 conjuntos de datos de RNA-seq disponibles públicamente sobre tratamiento de salinidad para identificar eventos de empalme alternativo diferencial (EAD) y genes que participan en la respuesta a este estímulo. Nuestros hallazgos revelan que, ya sea de manera independiente o coordinada, el EA puede regular hasta el 20% del transcriptoma detectado, siendo la intensidad del tratamiento el factor más determinante. Además, mostramos que la regulación del EA fue altamente específica del tejido, con raíces que mostraron fuertes respuestas al estrés mediadas por EA. Además, las comparaciones entre diferentes tipos de estrés mostraron que las raíces tienen un conjunto central de genes regulados por EA asociados con la respuesta al estrés y el desarrollo, con conjuntos de genes funcionalmente distintos al comparar la sal con otros estreses, mientras que también conservan una respuesta relevante específica de la condición. Demostramos la necesidad de integrar el análisis de EA para comprender mejor los mecanismos de adaptación de las plantas y destacamos el papel clave del EA en las respuestas a la salinidad, revelando una regulación compartida del EA entre las respuestas a la sal, el calor y la sequía.