La ingesta de calostro es un determinante crucial de la supervivencia en los conejos recién nacidos. Los neonatos dependen completamente de la transferencia de inmunidad pasiva de sus madres mientras succionan calostro. El objetivo de este estudio fue explorar las diferencias proteicas de la leche de conejo durante diferentes períodos de lactancia. Nuestros hallazgos mostraron que el rendimiento diario de leche exhibió una tendencia creciente desde el segundo hasta el vigésimo primer día de lactancia. Un enfoque de proteómica de adquisición independiente de datos identificó un total de 2011 proteínas. Significativamente, se encontraron diferentes abundancias para 525 proteínas en las muestras de calostro y leche madura. Se examinaron once proteínas diferencialmente abundantes (DAPs) utilizando monitoreo de reacciones paralelas, lo que verificó la fiabilidad de los datos proteómicos. El análisis de Ontología de Genes reveló que estas DAPs estaban principalmente asociadas con la actividad de glicosiltransferasa, la actividad de transportador transmembrana de macromoléculas y la regulación de la respuesta inflamatoria aguda. Las vías metabólicas dominantes de las DAPs involucran las cascadas de complemento y coagulación. Un análisis de interacción proteína-proteína identificó la apolipoproteína B, la apolipoproteína A1, la triosa fosfato isomerasa 1 y la albúmina como las proteínas clave responsables de distinguir las diferencias entre las propiedades biológicas en el calostro y la leche madura de conejo. Estos hallazgos mejoran nuestra comprensión del proteoma de la leche de conejo, particularmente en la expansión de nuestro conocimiento sobre los requerimientos de los conejos neonatos.