Los transcriptomas específicos de órganos proporcionan información valiosa sobre los genes involucrados en la identidad del órgano y el control del desarrollo. Este estudio investigó los transcriptomas de los órganos florales y las brácteas subyacentes en algodón silvestre y domesticado, centrándose en los genes MADS-box críticos para el desarrollo floral. Se analizaron los perfiles de expresión de los genes de clase A, B, C, D y E, confirmando sus roles en la diferenciación de órganos florales. El agrupamiento jerárquico reveló patrones de expresión similares entre las brácteas y los sépalos, así como entre los pétalos y los estambres, mientras que los carpelos se agruparon con las fibras de algodón en desarrollo, reflejando sus características compartidas. Más allá de los genes MADS-box, se analizaron otros factores de transcripción para explorar la base genética del desarrollo floral. Si bien el algodón silvestre y el domesticado mostraron patrones de expresión similares para genes clave, el algodón domesticado exhibió una expresión significativamente más alta en los carpelos en comparación con el algodón silvestre, lo que se alinea con el aumento del número de óvulos en los carpelos del algodón domesticado. El análisis de enriquecimiento funcional destacó roles específicos de órganos: los genes regulados al alza en las brácteas estaban enriquecidos en términos GO relacionados con la fotosíntesis, mientras que diversas funciones estaban enriquecidas en los órganos florales, apoyando sus respectivas funciones. Notablemente, los genes de clase A no se expresaron significativamente en los pétalos, desviándose del modelo ABCDE, lo que justifica un análisis adicional. Por último, los genes de clase ABCDE exhibieron un sesgo diferencial de expresión de homoeólogos hacia cada subgenoma entre dos accesiones, sugiriendo que el proceso de domesticación ha influido en la utilización de homoeólogos a pesar de las restricciones funcionales en la organogénesis floral.