El reloj circadiano, un sistema de temporización endógeno, existe en casi todos los organismos de la Tierra. Se ha encontrado que el reloj circadiano de las plantas está intrínsecamente vinculado a diversas actividades biológicas esenciales. Estudios extensos del reloj circadiano de las plantas han generado aplicaciones valiosas. Sin embargo, las distinciones de los relojes circadianos en dos especies de plantas importantes, y (soja), siguen siendo en gran medida inexploradas. Este estudio se esfuerza por abordar esta brecha mediante una comparación exhaustiva de los perfiles transcriptómicos circadianos de y soja para descubrir sus características circadianas distintas. Utilizando un ajuste de regresión no lineal (COS) integrado con pesos, identificamos genes rítmicos circadianos dentro de ambos organismos. A través de una exploración profunda de los parámetros circadianos, revelamos diferencias notables entre y soja. Además, nuestro análisis de los genes centrales del reloj circadiano arrojó luz sobre las distinciones en los osciladores centrales entre estas dos especies. Adicionalmente, observamos que los genes homólogos de los genes del reloj circadiano en soja ejercen una influencia significativa en la regulación de la floración y la madurez de la soja. Este fenómeno parece derivarse de cambios en los parámetros circadianos dentro de los genes de soja. Estos hallazgos destacan actividades biológicas contrastantes bajo la regulación circadiana en y soja. Este estudio no solo subraya los atributos distintivos de estas especies, sino que también ofrece valiosos conocimientos para un mayor escrutinio del reloj circadiano de la soja y sus posibles aplicaciones.