El rendimiento reproductivo es uno de los rasgos económicos más importantes en la industria caprina. Aumentar el número de cabras es una medida efectiva para mejorar la eficiencia de producción y reducir los costos de producción. Los ovarios son órganos reproductivos importantes en los mamíferos hembras que afectan directamente el ciclo estral y las capacidades reproductivas. Comprender la compleja red de transcripción de ARN no codificantes (lncARN, circARN y miARN) y ARN mensajero (ARNm) podría llevar a importantes conocimientos sobre la regulación ovárica de los procesos reproductivos de los animales. Sin embargo, el análisis del transcriptoma completo de los ARN no codificantes y ARNm de los ovarios en cabras blancas de Chongming entre grupos de alta fecundidad (HP) y baja fecundidad (LP) es limitado. En este estudio, se utilizó un enfoque de secuenciación de transcriptoma completo para identificar la expresión de lncARN, circARN, miARN y ARNm en los ovarios de cabras blancas de Chongming durante la fase de estro utilizando tecnología RNA-Seq. Se identificaron más de 20,000 ARN mensajeros (ARNm), 10,000 ARN largos no codificantes (lncARN), 3500 ARN circulares (circARN) y 1000 micro ARN (miARN). A través de un análisis bioinformático, se revelaron un total de 1024 transcritos diferenciales (724 ARNm, 112 lncARN, 178 circARN y 10 miARN) existentes entre los grupos HP y LP. Se enriquecieron en la vía de señalización de prolactina, la vía de señalización de Jak-STAT y la vía de señalización de GnRH, así como en varias vías metabólicas. Los ARNm expresados diferencialmente (como , , , , y ) y los miARN (como ) desempeñan papeles clave en la regulación de los ovarios de cabra durante la fase de estro. El enriquecimiento de vías relacionadas con la reproducción, como las vías de señalización Hippo, Hedgehog, PI3K-AKT y MAPK, sugiere que podrían estar involucradas en la prolificidad de los ovarios de cabra. En general, identificamos varios módulos génicos asociados con la fecundidad de las cabras y proporcionamos una base para un mecanismo molecular en los ovarios de cabras blancas de Chongming.