El análisis de la estructura genética de la población y la heterocigosidad multilocus individual son cruciales para la gestión y conservación de la vida silvestre. Los marcadores de microsatélites se han utilizado tradicionalmente para evaluar estos parámetros genéticos. Sin embargo, los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) están ganando popularidad. Nuestro objetivo aquí fue determinar hasta qué punto los SNPs pueden proporcionar mejores conocimientos que los microsatélites sobre el estado genético general y los procesos genéticos poblacionales en la especie. Con este fin, genotipamos 210 ciervos rojos en la población silvestre española con 11 microsatélites y 31,712 SNPs. Comparamos parámetros relacionados con la estructura genética de la población y la heterocigosidad multilocus individual obtenidos con ambos tipos de marcadores. Nuestros resultados mostraron correlaciones entre los parámetros medidos utilizando tanto microsatélites como SNPs, particularmente aquellos relacionados con el nivel de diversidad genética y la diferenciación genética. Sin embargo, encontramos una precisión notablemente menor de los microsatélites al medir la distribución de la diversidad genética entre individuos. Concluimos que los microsatélites pueden usarse para monitorear el estado genético general y detectar patrones amplios en las poblaciones de ciervos rojos. No obstante, la mayor precisión de los SNPs para inferir la estructura genética y la heterocigosidad multilocus nos lleva a alentar a los científicos y gestores de vida silvestre a priorizar su uso siempre que sea posible.