El desarrollo del epidídimo es la base de la reproducción masculina y es un sitio crucial donde ocurre la maduración de los espermatozoides. Con el fin de comprender mejor el desarrollo epididimal del yak y cómo regular la maduración de los espermatozoides, realizamos un análisis multi-ómico. Detectamos 2274 genes diferenciales, 222 proteínas diferenciales y 117 genes de coexpresión en la cola del epidídimo del yak antes y después de la madurez sexual mediante técnicas de RNA-seq y proteómica, que incluían TGFBI, COL1A1, COL1A2, COL3A1, COL12A1, SULT2B1, KRT19 y NPC2. Estos genes de alta abundancia están relacionados principalmente con el crecimiento celular, la diferenciación, la adhesión y la maduración de los espermatozoides, y están principalmente enriquecidos a través de la interacción del receptor de la matriz extracelular, la diferenciación y absorción de proteínas, y las vías de señalización de lisosomas y estrógenos. La expresión anormal de estos genes puede llevar a la retardación del desarrollo de la cola epididimal y a una función espermática anormal en el yak. En conclusión, a través de análisis individuales y combinados, proporcionamos una base teórica para el desarrollo de la cola epididimal del yak, la maduración de los espermatozoides y la selección de genes clave involucrados en la regulación de la reproducción masculina del yak.