Los elementos transponibles (ETs) contribuyen significativamente a la evolución y diversidad de los genomas de las plantas. En este estudio, exploramos los roles de los ETs en los genomas de géneros relacionados construyendo una biblioteca de ETs del pan-genoma a partir de 20 genomas publicados de accesiones relacionadas. Nuestros resultados revelaron un aumento en el contenido de ETs y el número de tipos de ETs en comparación con las anotaciones originales, así como una disminución en el contenido de ETs no clasificados. La longitud promedio de los ETs por ensamblaje fue de aproximadamente 194.23 Mb, representando del 41.76% al 64.76% de los genomas, con un valor medio de 56.95%. Se encontró una correlación positiva significativa entre el tamaño del genoma y tanto el número de tipos de ETs como el contenido de ETs. Consistente con la diferencia en el tamaño medio del genoma completo (39.83 Mb) entre géneros relacionados, los genomas contenían un promedio de 34.36 Mb más secuencias de ETs que los genomas relacionados. El análisis del tiempo de inserción estimado y la vida media de los retrotransposones de repetición terminal larga (LTR-RTs) sugirió que la eliminación de ETs no fue el factor principal que contribuyó a las diferencias entre los genomas. Estos hallazgos indican colectivamente que los ETs son los principales determinantes del tamaño del genoma y juegan un papel importante en la conformación de las estructuras genómicas. El análisis de coordenadas principales (PCoA) de los identificadores de Ontología de Genes (GO) y de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) reveló que los ETs fragmentados se derivaron predominantemente de genomas ancestrales, mientras que los ETs intactos fueron cruciales en la reciente diversificación evolutiva. Además, la presencia o ausencia de ETs intactos cerca de la superfamilia AdhE estaba estrechamente asociada con el rasgo de amargor en la especie. En general, este estudio mejora la anotación de ETs en genomas relacionados y proporciona datos valiosos para futuras investigaciones sobre la cría genética y rasgos agronómicos.