Las empresas de fabricación de alta tecnología, como entidades innovadoras, son un enfoque clave de la atención nacional. Actualmente, estas empresas enfrentan tanto presión interna de gobernanza como presión institucional externa. A diferencia de los estudios tradicionales que utilizan principalmente ecuaciones de regresión, este artículo utiliza el método de análisis comparativo cualitativo de conjuntos difusos para examinar cómo las empresas de fabricación de alta tecnología pueden coordinar sus mecanismos de gobernanza interna y las presiones institucionales externas para lograr una innovación óptima. Esto mejora el complejo mecanismo de los múltiples factores que explican conjuntamente la innovación empresarial y también ayuda a elucidar la relación no lineal entre los factores de gobernanza interna, los factores institucionales externos y la innovación empresarial, enriqueciendo efectivamente los métodos y resultados de investigación. Sin embargo, no ha habido ninguna investigación sobre el tema de la innovación empresarial desde la perspectiva de coordinar ambos, lo cual necesita ser abordado con urgencia. Este artículo examina cómo las empresas de fabricación de alta tecnología pueden reconciliar sus mecanismos de gobernanza interna con las presiones institucionales externas para lograr una innovación óptima. Los resultados mostraron que (1) un solo factor no puede constituir las condiciones necesarias para la innovación en las empresas de fabricación de alta tecnología, pero la gobernanza ejecutiva y la de los accionistas tienen universalidad en la innovación en estas empresas; (2) en ausencia de ventajas políticas, las empresas de fabricación de alta tecnología deben centrarse en el desarrollo coordinado de la gobernanza interna, haciendo de la gobernanza del consejo, la ejecutiva y la de los accionistas las condiciones centrales para el desarrollo innovador; (3) con las ventajas políticas como enfoque principal y la atención del mercado como complemento, las empresas de fabricación de alta tecnología promueven el desarrollo innovador combinando la gobernanza ejecutiva y la de los accionistas. Este hallazgo indica un efecto de sustitución significativo entre la legitimidad gubernamental y la gobernanza del consejo, y confirma que la importancia de obtener legitimidad gubernamental para la innovación en la fabricación de alta tecnología es mayor que la legitimidad del mercado. Este artículo enriquece la investigación sobre la innovación empresarial al vincular la gobernanza interna corporativa con la presión institucional externa, expande la investigación sobre la relación de coordinación entre la presión institucional y la gobernanza corporativa, y tiene un significado esclarecedor al revelar el camino colaborativo para la innovación en las empresas de fabricación de alta tecnología.