La hibridación interespecífica y el retrocruzamiento que la acompaña entre cultivos y sus parientes han sido reconocidos como un método poderoso para ampliar la diversidad genética y transferir rasgos adaptativos deseables. Los cruces entre rábano (RR, 2n = 18) y (CC, 2n = 18), que formaron el alotetraploide Raphanobrassica (RRCC, 2n = 36), iniciaron la construcción de alopoliploides resintéticos. Sin embargo, estas progenies de los retrocruzamientos entre Raphanobrassica y los dos padres diploides no han sido bien descifradas. En este estudio, se emplearon miles de retrocruzamientos utilizando tanto Raphanobrassica como los dos padres diploides como donantes de polen. Se obtuvieron varios híbridos con números cromosómicos esperados (2n = 27) y no esperados (2n = 26 y 2n = 36). El análisis de hibridación fluorescente in situ (FISH) con secuencias específicas del genoma R como sondas demostró que las estructuras genómicas de los dos híbridos esperados eran RRC y CCR, y las estructuras genómicas de los tres híbridos no esperados eran RRRC, CCCR y RRC" (que alberga un genoma C incompleto). Los híbridos inesperados con genomas R o C adicionales mostraron características fenotípicas similares a sus híbridos esperados. El análisis FISH con secuencias específicas del genoma C como sondas demostró que los híbridos alopoliploides inesperados exhibieron emparejamientos de cromosomas intergenómicos significativamente más numerosos que los híbridos esperados. Los híbridos esperados y no esperados no solo proporcionan nuevos recursos de germoplasma para la mejora del rábano, sino también material genético muy importante para el análisis de dosis del genoma.