Este estudio tuvo como objetivo evaluar de manera integral las características en el músculo (LTL) de las ovejas Chaka (CK) y las ovejas tibetanas (TB), y se utilizó un análisis de asociación transcriptómica-metabolómica para encontrar los posibles genes, metabolitos diferenciales y vías metabólicas significativamente diferenciales que conducen a las diferencias en la calidad de la carne. Según los resultados investigados, la calidad nutricional de la carne, incluidos los contenidos de extracto etéreo (11.95% vs. 10.56%), ácidos grasos insaturados (51.20% vs. 47.69%) y ácidos grasos poliinsaturados (5.71% vs. 3.97%), fue mejor en las ovejas TB que en las ovejas CK, mientras que las ovejas CK tienen mejores características de fibra muscular, como el número total (62 vs. 45) y la densidad de fibra muscular (1426.54 mm vs. 1158.77 mm) y sabor. La investigación ómica ha demostrado que los metabolitos diferenciales clave y las vías metabólicas estaban dominadas por el metabolismo de aminoácidos, particularmente el metabolismo del glutatión, el metabolismo de la taurina y la hipotaurina, y vías relacionadas con el metabolismo de lípidos, como el metabolismo de glicerofosfolípidos y la vía de señalización de esfingolípidos. El metabolito intermedio sn-Glicerol 3-fosfoetanolamina desempeñó un papel clave en la determinación de la calidad de la carne de oveja, que fue regulado por , , , , y y correlacionado con el color, la textura y el sabor de la carne. En general, estos resultados proporcionarán información efectiva y más evidencia para apoyar la exploración adicional de biomarcadores valiosos de la calidad de la carne.