La proliferación de las capacidades de los Sistemas Aéreos No Tripulados (UAS) en el sector comercial está planteando amenazas potencialmente significativas a la defensa perimetral tradicional de las instalaciones civiles y militares. Los UAS comerciales disponibles en el mercado (COTS) son pequeños, baratos y cuentan con múltiples tipos de funciones que están generando un creciente interés entre los aficionados. Esto ha llevado a la necesidad de que los comandantes de las instalaciones tengan una metodología para realizar una evaluación y análisis rápidos de la instalación y la efectividad de los Sistemas de Contramedidas contra Drones (CUAS) existentes. Esta investigación propone una metodología que sigue una perspectiva de ingeniería de sistemas para proporcionar un proceso paso a paso en la realización de la evaluación y el análisis mediante el uso de herramientas de Ingeniería de Sistemas Basada en Modelos (MBSE) para comprender la efectividad y las limitaciones del CUAS. La metodología analiza el entorno operativo del CUAS y los efectos de los factores dominantes e impactos que el CUAS puede plantear a otros interesados (por ejemplo, fuerzas aliadas adyacentes, civiles, etc.) dentro del área de operación. Luego identificamos candidatos de configuración para optimizar el rendimiento del CUAS y cumplir con los requisitos de los interesados. Se presenta un estudio de caso de un aeropuerto hipotético con CUAS existentes para demostrar la utilidad de la metodología, explorar los candidatos y justificar la implementación de un candidato que se ajuste a la instalación y a los requisitos de los interesados.