Estudiar las proteínas asociadas con los cromosomas sexuales puede proporcionar información sobre las proteínas específicas de sexo. Las proteínas de membrana accesibles a través de la superficie celular pueden servir como excelentes objetivos para fines diagnósticos, terapéuticos o incluso tecnológicos, como las tecnologías de sexado de esperma. En este contexto, las proteínas codificadas por los cromosomas sexuales tienen el potencial de convertirse en objetivos para los espermatozoides portadores de cromosomas X o Y. Debido a la disponibilidad limitada de estudios proteómicos sobre espermatozoides de conejo y bases de datos mal anotadas para conejos en comparación con humanos, se realizó un análisis bioinformático del proteoma del cromosoma X del conejo (RX), así como del cromosoma X (HX) y Y (HY) humanos, para identificar posibles objetivos que podrían ser accesibles desde la superficie celular y predecir cuáles de los posibles objetivos identificados en humanos también podrían existir en conejos. Identificamos 100, 211 y 3 proteínas asociadas con la membrana plasmática o la superficie celular para RX, HX y HY, respectivamente, de las cuales 61, 132 y 3 proteínas exhiben potencial como objetivos ya que se predijo que eran accesibles desde la superficie celular. La referencia cruzada de los posibles objetivos HX con el proteoma del conejo reveló 60 proteínas adicionales con el potencial de ser objetivos RX, resultando en un total de 121 objetivos RX potenciales. Además, al menos 53 posibles objetivos comunes HX y RX han sido identificados previamente en espermatozoides humanos, enfatizando su potencial como objetivos de espermatozoides portadores de cromosomas X. Estudios proteómicos adicionales sobre espermatozoides de conejo serán esenciales para identificar y validar la utilidad de estas proteínas para su aplicación en técnicas de clasificación de esperma de conejo como objetivos de espermatozoides portadores de cromosomas X.