Los ciervos almizcleros de bosque en cautiverio son frecuentemente afectados por la enfermedad de abscesos, que es difícil de diagnosticar y tratar en sus etapas iniciales, lo que a menudo conduce a altas tasas de mortalidad. Este estudio tuvo como objetivo examinar las diferencias en las comunidades microbianas entre hisopos orales de garganta y muestras de pus de ciervos almizcleros, con el fin de permitir la detección y tratamiento temprano de la enfermedad de abscesos a través del perfilado microbiano en el futuro. Se recolectaron muestras de tres grupos: hisopos orales de garganta de ciervos almizcleros sanos (HMO), hisopos orales de garganta de ciervos almizcleros enfermos (AMO) y pus de abscesos (AMP). Se utilizaron enfoques metagenómicos y secuenciación de 16S rRNA para analizar y comparar las comunidades microbianas. Los resultados revelaron diferencias significativas entre la microbiota de ciervos sanos y enfermos, mientras que los perfiles microbianos de AMO y AMP fueron en gran medida similares. Notablemente, se detectaron en ambas muestras de AMO y AMP, lo que sugiere que estas bacterias son los patógenos primarios responsables de la enfermedad de abscesos en los ciervos almizcleros de bosque. Basado en estos hallazgos, esperamos desarrollar en el futuro una prueba diagnóstica de hisopo de garganta que pueda detectar la enfermedad de abscesos en etapa temprana en ciervos almizcleros, permitiendo una intervención y tratamiento oportunos.