En este artículo de revisión, presentaremos una serie de preguntas algorítmicas fundamentales relacionadas con varios problemas de reducción transitiva en redes que tienen aplicaciones en la síntesis y análisis de redes involucrando procesos celulares. Nuestro punto de partida será el llamado problema del digrafo equivalente mínimo, un problema computacional clásico en algoritmos combinatorios. Posteriormente, consideraremos algunas extensiones o generalizaciones no triviales de este problema motivadas por aplicaciones en biología de sistemas. Luego discutiremos las aplicaciones de estas metodologías algorítmicas en el contexto de tres grandes preguntas de investigación biológica: sintetizar y simplificar redes de transducción de señales, analizar redes de enfermedades y medir la redundancia de redes biológicas.