Este es el primer informe sobre el análisis de la complejidad y heterogeneidad del hábitat del humedal del Pantanal. El Pantanal abarca un mosaico peculiar de ambientes, por lo que es importante evaluar y monitorear esta área en relación con la conservación de la biodiversidad. Nuestro objetivo fue medir indirectamente la complejidad y heterogeneidad del hábitat del mosaico que conforma las subregiones del Pantanal mediante teledetección. Se obtuvieron imágenes gratuitas del Índice de Vegetación de Diferencia Normalizada (NDVI) del sensor MODIS y se calculó el valor medio (complejidad) y la desviación estándar (heterogeneidad) para cada subregión en los años 2000, 2008 y 2015. Las subregiones de Poconé, Canoeira, Paraguay y Aquidauana presentaron los valores más altos de complejidad (NDVI medio), entre 0,69 y 0,64 en los años evaluados. La mayor heterogeneidad horizontal (desviación estándar del NDVI) se observó en la subregión de Tuiuiú, con valores de 0,19 en los años 2000 y 2015, y de 0,21 en 2008. Concluimos que el uso del NDVI para estimar los parámetros del paisaje es una herramienta eficaz para la evaluación y el monitoreo de la complejidad y heterogeneidad de los hábitats del Pantanal, aplicable en otras regiones.