Los aminoácidos proteicos son los bloques de construcción de las proteínas, y las plantas los sintetizan todos. Además de su importancia en el crecimiento y desarrollo de las plantas, la creciente evidencia subraya el papel central que desempeñan los aminoácidos y sus derivados en la regulación de varias vías involucradas en las respuestas al estrés biótico y abiótico. En la presente revisión, ilustramos (i) el papel de los aminoácidos como fuente de energía capaz de reemplazar a los azúcares como donantes de electrones para la cadena de transporte de electrones mitocondrial y (ii) el papel de los aminoácidos como precursores de osmólitos así como (iii) precursores de metabolitos secundarios. Entre los aminoácidos involucrados en la respuesta al estrés por sequía, la prolina y la cisteína desempeñan un papel especial. Además de la gran acumulación de prolina que ocurre en respuesta al estrés por sequía, la prolina puede exportar equivalentes reductores a tejidos y órganos sumidero, y la producción de HS derivada del metabolismo de la cisteína puede mediar modificaciones post-traduccionales que afectan a las cisteínas de las proteínas mismas. Aunque nuestra comprensión general de la fisiología del estrés en microalgas sigue siendo fragmentaria, también se proporciona una visión general de cómo los organismos fotosintéticos unicelulares enfrentan el estrés salino debido al creciente interés en las microalgas en las ciencias aplicadas.