Los invernaderos hidropónicos y las granjas verticales proporcionan una estrategia alternativa de producción de cultivos en regiones que experimentan bajas temperaturas, luz solar subóptima o calidad de suelo inadecuada. Sin embargo, los sistemas hidropónicos son sin suelo y, por lo tanto, tienen una microbiota bacteriana muy diferente a la de las plantas cultivadas en suelo. Esta revisión destaca algunas de las bacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPB) más prevalentes y las bacterias fitopatógenas destructivas que dominan los sistemas hidropónicos. Una comprensión completa de qué bacterias aumentan los rendimientos de los cultivos hidropónicos y las formas de mitigar la pérdida de cultivos por enfermedades son críticas para avanzar en la investigación del microbioma. La sección que se centra en las bacterias promotoras del crecimiento de las plantas destaca las vías biológicas putativas para la promoción del crecimiento y la evidencia de un aumento en la productividad de los cultivos en sistemas hidropónicos por parte de estos organismos. Se examinan en detalle siete géneros, incluyendo , , , , , , y . En contraste, la revisión de fitopatógenos hidropónicos explora los mecanismos de la enfermedad, los estudios de incidencia de enfermedades en cultivos de invernadero y las estrategias de control de enfermedades. Se discuten enfermedades económicamente relevantes causadas por , , , , , , y . Las condiciones que hacen de ambos un amigo y un enemigo, dependiendo de la especie, el ambiente y la expresión génica, proporcionan información sobre la complejidad de las interacciones planta-bacteria. Al amalgamar información sobre bacterias beneficiosas y patógenas en hidropónicos, los investigadores y los cultivadores de invernaderos pueden estar mejor informados sobre cómo las bacterias impactan los sistemas modernos de producción de cultivos.